はい、可能です。
下記の例のように複数のFQDNをまたぐアプリケーションも検査が可能です。
例）機能ごとにFQDNが異なる場合
ログイン画面：login.example.com
マイページ：mypage.example.com
例）SPAなどでフロントとエンドポイントのFQDNが異なる場合
フロント：www.example.com
エンドポイント：api.example.com
このようにWebアプリケーションに含まれる全てのFQDNを検査したい場合、全てのFQDNをVAddyに登録する必要がありますのでご注意ください。
IDaaS（Auth0／AWS cognitoなど）のFQDNのように、自社管理以外のFQDNをVAddyに登録する場合は下記の記事をご参照ください。
また、本機能はPrivateNet版では対応していません。