VAddyの全てのプランにおいて標準で3つのFQDNを検査対象として登録することができますが、事前に「追加FQDN枠」を購入いただくことで4つ以上のFQDNを検査対象として登録することができます。
追加FQDN枠数の変更方法はこちらの記事をご覧ください。
スタートアップガイド：追加FQDN枠数の変更方法
https://support.vaddy.net/hc/ja/articles/900006415603
なお、プロジェクトやサーバの削除だけでは課金対象となる追加FQDN数は変わりませんので、課金対象となるFQDNを減らしたい場合は必ず上記の手順で追加FQDN枠数を変更ください。
【参考リンク】