はい、以下の手順で変更できます。
任意のプロジェクト画面にて上記の「設置URL・拡張子変更」ボタンをクリックします。
検査対象サーバー一覧部分の「変更」ボタンからも同様です。
次の画面で認証ファイルを設置したいディレクトリを入力できます。
example.com/123/ に設置したい場合は /123/ と
example.com/123/456/ に設置したい場合は /123/456/ と入力します。
その後指定したディレクトリに認証ファイルをアップロードし、「所有者認証」を行ってください。